Herbert Schmidt promovierte nach seinem Studium der Biologie im Jahr 1992 an der Technischen Hochschule Darmstadt. Danach war er als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Hygiene und Mikrobiologie an der Medizinischen Fakultät der Universität Würzburg tätig, wo er sich im Jahr 1998 habilitierte. Von 2002 bis 2004 war er Universitätsprofessor (C3) für ­molekulare medizinische Mikrobiologie am Institut für Medizinische Mikro­biologie und Hygiene, Technische Universität Dresden und wurde im Jahr 2004 als Universitätsprofessor (C4) an die Universität Hohenheim berufen. Dort ist er Inhaber des Lehrstuhls Lebensmittelmikrobiologie und aktuell geschäfts­führender Direktor des Instituts für Lebensmittelwissenschaft und Biotechnologie.